La società ha origini negli anni settanta quando a San Desiderio era attiva l’AC San Desiderio che vincerà il campionato di Promozione nel 1980 accedendo direttamente alla Serie D. Nel giugno dello stesso anno si fonde con la società Rapallo adottando la denominazione AC Rapallo San Desiderio disputando il campionato di Serie D.

Il G.S. San Desiderio viene rifondato nel luglio 1999 grazie all’iniziativa di alcuni componenti del quartiere e nel corso degli anni a seguire milita nei campionati di prima e seconda categoria, con una parentesi dal 2014 al 2017 in Promozione; questa categoria viene raggiunta nuovamente con la vittoria del campionato di Prima categoria stagione calcistica 2021/2022.

Gli ultimi due campionati hanno visto i migliori risultati della storia del Sande con salvezze tranquille, evitando addirittura i playout.

Tra il palmares, oltre al campionato, ricordiamo una coppa liguria nel lontano 2004 e soprattutto una fantastica Coppa Italia, vinta nel maggio 2016 contro Albissola Calcio (che da li a poco sarebbe andata nei professionisti).

La società per gran parte della propria storia è stata guidata dal Presidente Silvio Frangioni, prematuramente scomparso nel novembre del 2022.

Da settembre 2023 tutta la società si sta impegnando per sviluppare il settore giovanile così da dedicare la scuola calcio al nostro PRES.